整部作品的时间跨度近一个世纪，所涉人物囊括了二十世纪人文科学领域的大部分大师级人物。作品对这些知识分子群体命运作了细致的探查与披露，对各种因缘际会和埋藏于历史深处的人事纠葛、爱恨情仇进行了有理有据的释解，读来令人心胸豁然开朗的同时，又不胜唏嘘，扼腕浩叹。

《南渡》是本书的第一部，描述了抗战爆发前后，中国知识分子和民族精英的生活，以及从敌占区流亡西南的故事。时间从1937年七七卢沟桥事变始，继之平津沦陷，北大、清华、南开等大学南渡西迁，先长沙后昆明、蒙自办学的岁月，同时涉及中央研究院史语所、同济大学、中国营造学社在抗战烽火中艰难跋涉的历程。突出地描写了蔡元培、胡适、陈寅恪、傅斯年、梁思成、李济、林徽因、金岳霖、梅贻琦、冯友兰等大知识分子的生活、学术、精神与情操，搜罗宏富，规模宏大，意旨宏远，堪称中国知识分子抗战时期的群雕。

《北归》是本书的第二部，着重描述了抗战胜利前后，流亡西南的知识分子的学术追求、思想变化与不同的人生遭际，时间跨度约为抗战中后期至1948年末，国民政府抢运国宝与“抢救学人”计划，连同选举首届中央研究院院士为止。突出地再现了董作宾、李约瑟、童第周、陶孟和、沈性仁、梁思永、蒋梦麟、闻一多、刘文典、罗庸、郑天挺、吴晗等中外知识分子，在民族危亡的艰难岁月里，颠沛流离，不屈不挠的坚强意志。从不同的角度还原了西南联大学潮与闻一多被刺案真相，对自由知识分子群体于时代大潮中的分化与演变，作了深入细致的探究，被蓄意掩盖的历史隐秘得到了充分揭示。

《离别》是本书的第三部，描述了流亡西南的知识分子，在回归久违的故土家园之后，因内战爆发和各自的政治歧见，不得不忍痛离别，遥天相望，以及在海峡两岸不同的生活环境和政治氛围中所遭遇的命运剧变。除述及迁往台湾的几位大师级人物，着重描述了留在大陆的吴金鼎、曾昭抡、曾昭燏、陈梦家、穆旦、向达、叶企孙、饶毓泰、吴宓、钱锺书等知识分子群体，不同的政治追求与爱恨情仇。令读者感知历史真相并扼腕浩叹的同时，也生发出“在史中求史识”的冲动，并从中吸取一些历史的教训。